世传天下两少林，一在中州，二在闽中。闽中少林寺始建于唐贞观三年（629年），传为隋唐之际曾救助秦王李世民的十三棍僧之一的智空（字道广）和尚所建。传说，当年唐太宗命少林寺方丈昙宗为大将军率僧兵到沿海对付海贼。在平定海贼之后，留下道广等寺僧在闽中经营少林寺。道广在得到昙宗的指点之后，遍访闽中沿海山水，找到一处山形地貌与少林寺所在地非常相似的地方，建起了少林在东南沿海的分寺。
嵩山少林院遗址前广场
唐天祐四年（907年），皇室外戚朱温废唐，改国号为梁，史称后梁。此时，统治福建的节度使王审知对后梁政权称臣纳贡，这激起了部分忠于李唐政权的闽中少林寺僧的反对，闽中少林寺随之毁于这场斗争中。
五代后期，王氏闽国政权覆亡后，福建分别被南唐、吴越割据。至后周显德二年（公元955年），统治中原地区的后周世宗柴荣开始毁佛，其后共废佛寺7000余所。中州嵩山少林寺也在废除之列，寺僧被逐出寺院，勒令还俗。而此时位于东南一隅的吴越国正处在笃信佛教的钱氏政权统治之下。吴越国在其存世的近百年间，始终奉行尊崇佛教的政策。吴越国内佛寺兴盛，僧侣云集，佛事活动非常频繁。在这样的背景下，部分少林僧人僭逃进入吴越国境，辗转来到闽中少林寺故地，在闽中少林故地重建少林寺。因寺僧主要来自中州祖庭，故寺院沿用了嵩山少林寺的名称。
嵩山少林院遗址
公元 978 年，吴越国上表投降，福建全境归入宋版图。北宋统一后，中原佛教重兴。位于闽中的嵩山少林寺僧人便将重建少林祖庭之事提上了议事日程。北宋嘉佑元年（公元1056年），住持修颙从南少林寺移住洛阳白马寺，开始着手重建北少林寺。北宋元祐二年（公元1087年）报恩开法于少林寺。北少林完成重建后，随之出现了两个嵩山少林寺的局面。为区分这两个寺院，位于闽中的少林寺被改称为少林院。两个寺院之间则以北寺和南院互称，即人们通常所说的少林南北寺院。这也就是为什么在少林有着众多分寺下院（一说唐代建9座、元代又建5座，一说共9座）的情况下，只有闽中少林寺能够和中州少林寺并称南北少林的根本原因。南少林正式名称改为少林院后，民间的称呼依惯仍旧还是少林寺。例如，《闽都别记》256回讲述元代福州万寿寺僧人王法助，为造南台万寿桥，上少林院求学拳棍武术和向寺里借宝之事时，均称南少林为少林寺。在少林院附近村庄发现的多本清代请神簿中，记录的当地神名有少林寺迦蓝。
嵩山少林院遗址
北宋末年，靖康之难，中原涂炭。传此时也有寺僧南逃入闽。此后，南宋与金对峙，南北寺院关系渐行疏远。元初，元朝统治者任命的北寺方丈福裕和尚确立了北少林衍用至今的七十字辈，并去临济、沩仰、曹洞、云门四宗，以曹洞宗一统北寺。但是，南院没有受此影响，依旧是以传临济宗为主的十方丛林。北寺资料显示，明朝后期，有南院一系僧人入中州少林寺。此系的无言正道祝发（削发）于上蓝寺，派本临济，至明万历时依入嵩山少林寺，为第二十六代，传之五世乃入曹洞正宗。也就是说，无言正道到北寺后，又传下传临济宗园通行超明5代，到了第6代玄字辈，才改归始于元朝的北寺七十字辈系列。
嵩山少林院遗址
除了传宗不同外，南院与北寺在武术方面的差异也明显加大。以至于明嘉靖四十年（1561年）福建籍抗倭名将俞大猷至北寺观武时，认为其真诀皆失，已经异化的没了少林味、少林魂了。
天王殿
到了明末，清军攻入福建。少林院僧人投身抗清斗争，寺僧遭到杀戮，寺院被焚毁，相关典籍也被收缴焚化为灰烬。但是，清廷单方面的举措不可能完全消除南少林留下的所有印迹，更不能抹去人们心中的记忆，尤其是南少林的所在府县，根本就不会成为一个问题。然而，南少林寺址却在寺毁之后也消失得无影无踪了……
近代《洪门秘笈》称少林寺在福州府福田县九连山，日本人平山周的《中国秘密社会史》则称少林寺在福州府浦田县九连山。《西鲁序》、施列格《天地会研究》记录的资料以及《清稗类钞•会党类》等文本中，或称南少林在福建福州府圃龙县九莲山，或称福州府鼓岭（在福州市郊），或称在莆田县。虽然，天地会会簿等记录的少林寺址一开始就很明确在福州府，但是，所有的县份名称都不对。福州府下只有福清县和古田县，而无福田县、圃龙县、浦田县。是什么原因造成这种府对县不对的情形呢？
大雄宝殿
描写少林寺僧西征反被清庭恩将仇报的《西鲁序》是天地会会簿的核心部分，作者用意即是以此来激发广大会员对清庭的刻骨仇恨，故而忌讳赐福、保佑清朝字意出现在是会簿这样的反清宣传册子中。然而祖寺南少林的所在地却在一个带有清字、且是叫作福清的地方，这让天地会首领们情何以堪？因此，会簿的执笔者自然要将这里的清字改掉。这样一来，原本在邻近莆田之界的福州府福清县九莲山少林寺，到了天地会的会簿之中，就变成了福州府福田县九莲山少林寺。
后来，天地会会簿中的少林寺址在多次传抄过程中，被传抄者根据自身的理解和判断以及某种需要进行修改。随着时间的流逝、知情者的故去，南少林的寺址也就失踪成了百年之谜。
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