《晶码战士》它介绍的是不远的未来，因为常年的污染，地球处于被毁灭的边缘。人类为了度过难关，将地球污染物全部转移到了一颗编号B-25的小行星上。然而一位先知科学家却预言，不远的未来地球还将再次面临危机。
当时有一位先知反对这项计划，他预言，一百年后，人类将会为此付出毁灭性的代价。然而世人却将他视为疯子，并将之放逐。先知最后莫名失踪，却为后世留下一个传说：在地球上的某个地方留下了拯救人类命运的四部神机和四块能量水晶，同时，它还具备召唤拯救者的力量…… 100年后，B-25行星因长期的污染，已经导致了生物的严重变异，终于，由魔王煞星统领，一群魔兽开始了它们复仇和夺取地球的计划。
煞星不断派遣异种怪兽来到地球，他们的目的是找到传说中的能量水晶，并依靠水晶的力量将B25小行星上的所有变异怪兽移植到地球，将地球变为一个煞星军团的基地，地球上原本的一切生物都将被异变或摧毁。
超生物兴趣研究小组的四位成员：龙炎、亚奇、吉修和美柯，在一个古老山洞里的密室里他们得到了四部晶码机，并无意间召唤出了四只晶码兽。他们得知魔兽已经开始攻击地球，并且在寻找四块有巨大能量的水晶。而龙炎四人则是被选召的晶码战士，他们必须抢在魔兽之前找到那四块水晶，与他们手中的晶码机完成晶码融合，才能拯救世界。龙炎四人从此开始了他们的征途。
晶码战士们一路与魔兽们斗智斗勇，在战斗中提升自己的实力，帮助晶码兽们完成一次次进化，并和晶码兽们结成了深厚的友谊。他们战胜了一个又一个煞星派来的强敌，并成功找到了四块水晶。
煞星最终发动了对地球的决战。晶码战士们凭借着彼此的友谊和信赖，以及保护地球、与黑暗战斗到底的坚定意志和强烈信心，召唤出最强的神君圣兽，最终击败强敌煞星，拯救了地球。
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